Сделайте нормальную интеграцию с 1С - оттуда тянутся Товары в amoCRM и там же прописываете индивидуальную скидку - хотите в рублях, хотите в %, хотите на все позиции, хотите на избранные.
Опять же все Товары хранятся ровно в той иерархии что и в 1С и не нужно их все время синхронизировать... Ну и двусторонний обмен данными + счета, оплаты и т.д.
Можете вообще на тест поставить, никаких проблем, настроить можно бесплатно самостоятельно если не лень разбираться. Скрины из 1С @kaktusishka скинешь плиз?