Кароч, причин может быть довольно много.
Во-первых, это может быть лигаси. На предприятии используется конкретное ПО, аналогов которому нет на линексе, и в жопу этот линекс.
Во-вторых — эта самая сертификация. Куча (полу)государственного ПО в РФ пишется исключительно под венду с обратной совместимостью с досом (в 2021 году, да, и это нормально), а линуксовую фигню сертифицировать гораздо сложнее — проверяющая комиссия не всегда знает что это такое, но зато с успехом расковыряет твою софтину.
Притом даже какие-нибудь сотовые операторы — сидят на венде в подавляющем числе случаев, и пользуются отечественными базами данных для хранения персоналки, специально сертифицированной под использование в РФ.