Ну типа, знаешь, в программах есть кнопка "сохранить настройки" — вот это типа сериализация текущего состояния настроек кнопок и запись в файлик. При запуске программы типа ты считываешь файлик один раз, а при изменении настроек — записываешь.
Но, в твоей проге должна быть возможность ручного сохранения этой фигни, плюс желательно автоматические бекапы раз в N минут при наличии изменений, в противном случае можно профукать данные или обкекаться с переизбытком использования жд.