Esp переходит в режим прошивки, если в момент старта (после Reset) на gpio0 логический 0.
Но дело в том, что приведенная схема включения обеспечивает инверсию dtr к en и rts к io0 при разных drt и rts, а при одинаковых логические единицы.
Что не дает нужного состояния. Скорее всего, для задержки сигнала сброса на en еще стоит конденсатор.
Тогда при старте обмена по uart dtr и rts обеспечат нужную логику работы.