Насколько это может быть заметно на файловой базе?
На малой нагрузке думаю не особо. А так - то же формирование отчётов например вполне может работать параллельно у нескольких пользователей, но Апач такого не позволит.
И регламентные задания вроде бы автономный сервер выполняет параллельно и всегда, а не по одному и только если кто-то есть в базе, как на Апаче.
Но это все только из чтения документации, на практике самому интересно как он себя показывает.