для начала, какие размеры не сходятся и на сколько.
если речь идет о минимальном расхождении в пределах 0,2мм, то часто это либо поток, либо усадка.
Если расхождение больше, то лучше перекалибровать шаги по осям, где идет расхождение.
Я рекомендую перекалибровать все шаги по всем трем осям. Процесс муторный ввиду сложности измерений, ибо надо как-то штангенциркуль крепить, но за то потом станет легче жить. Расчет шагов производится анаогичным образом с калибровкой шагов экструдера.