Потому, что любые изменения в контракт вносятся только по соглашению сторон, смотрите часть 1 статьи 95 44-ФЗ, если заказчик не согласен, то ничего Вы с этим сделать не можете. Вас никто не заставлял исполнять работы, не предусмотренные локально-сметным расчетом, а заказчик вправе такие работы не оплачивать.)