1) если в контракте установлено, что из обеспечения могут быть удержаны неустойка (пени, штрафы), причиненные убытки или иные выплаты, то удержите только эти суммы.
Предварительно направьте поставщику претензию, в которой укажите, какие условия контракта нарушены, расчет сумм, которые вы хотите взыскать, и возможность их удержания за счет обеспечения исполнения контракта. Если поставщик добровольно выплатит сумму ваших требований, то верните обеспечение полностью. Если нет, то удержите требуемую сумму из обеспечения, а оставшуюся сумму верните поставщику.
Об этом говорит Минэкономразвития России в Письме от 21.09.2015 № Д28и-2829. Такую же позицию поддерживают суды;
2) если в контракте прямо указано, что обеспечение исполнения контракта может быть удержано в полном объеме, то его можно удержать полностью. Чтобы удержать обеспечение, направьте поставщику претензию, в которой укажите, какие условия контракта им нарушены.