Это не наша практика, а общероссийская, как раз только давеча столкнулись. Почитайте ст. 171 НК РФ и про возмещение НДС. Заказчик в этом деле свою позицию обосновал так, мол в договоре написано про СФ, то и налог там укажите. Погуглите, я думаю сможете найти. Вроде в базе ФАСа. В вашем же случае, если в контракте цена указана только с НДС, а оценка шла по базису, то это странно как минимум, ибо это есть пробел в документации и получается, что тут только договариваться. Поинтересуйтесь, на каком основании они хотят снижать цену. Вообще если победил упрощенец и оценка шла по базису, то на мой взгляд логично, что цену снизят. Но повторюсь, в законодательстве нет единого подхода к этому вопросу, по этому тут возможны варианты. Если вы не согласны с позицией заказчика, пишите претензию и с ответом идите уже в ФАС