Не совсем так. Да, необходимо соглашение (или указание в законе на возможность факсимиле, но я такого в законах не встречал). Но также действие договора может подтверждаться конклюдентными действиями (исполнением). Акты, думаю, могут также подтверждаться оплатой (если постоплата). Обмен документами с факсимиле мог происходить с помощью электронных сообщений, из-за чего вполне возможно установить "авторство". Само по себе факсимиле в отсутствие соглашения не значит, что договор не заключен. Он скорее будет заключен, если нет спора об "авторстве" (подписантах) между сторонами. Естественно, что Заказчик не может видеть "авторство" в данных документах, возможности заключения актов или договоров с помощью факсимиле, был ли обмен электронными сообщениями и т.д. Поэтому заказчику следует исходить из того, что такой договор и акты заключены, пока не доказано иное.
Безусловно, что факсимиле в отсутствие соглашения (да и с ним тоже) несет значительные юридические риски, но больше в отношениях с контрагентом, с которым такие документы заключены. И у ФНС также могут возникнуть сомнения в заключенности договора, его фиктивности.