Когда пишут только на пхп обычно не задумываются об операциях энкода и прочих и думают что оно будет летать, но на деле это не так
Если вам важна скорость то быстрее чем писать/читать пхп массив в файл вы не получите
Парсить ини, жсон и прочие это дорогая операция
На любом языке можно нагавнокодить, но кричать что вот я пересел на файлы и стало работать лучше, так себе, может ты просто писать не умеешь нормально или настроить и найти баланс между имеющиеся ресурсами и требуемыми?