Процент самая плохая идея тем более на старте.
Процент на старте можно давать только человеку, в котором уверен, что он в будущем при росте проекта сможет стать CTO и т.п. Т.е. это должен быть очень сильный во всех смыслах человек(квалификация, личные качества, софтскилы и т.п.). Если ошибиться в человеке и дать долю программисту просто потому что нет денег платить больше зарплату, а надо как-то мотивировать, то потом можно получить совершенно слабого технического руководителя, с которым не захотят работать сильные спецы.