а если не госорган, а коммерческий заказчик, который не совсем понимает в ГОСТ, но очень сильно хочет, происходит что-то подобное
Если это не госорган, то все проще. Везде Agile, главное, чтобы все изменения оценивались в человеко-часах вами и был фиксированный рейт стоимости человеко-часа (плюс надбавка за срочность, если понадобится)