тот факт, что люди не могут делать ошибки при создании реляционных баз данных - ни для кого не секрет. использование фреймворков от этого не спасает - ты сам создаешь в них свои модели данных и отношения между ними. фреймворки, быть может, и могут уберечь от чего-то, но если кто-то нацелился забивать гвозди перфоратором - они найдут способ это сделать.
инструмент при этом не виноват, что его используют не по назначению. но хранить данные в реляционной бд в нормализованном виде намного предпочтительней, ибо позволяет потом реструктуризировать данные так, как нужно (а проект если живёт, это обязательно произойдёт). сравни это с nosql, когда ты замучаешься потом (а) выдёргивать нужные данные (б) переделывать структуру данных под новые ТЗ для развития данного продукта