Решил следующим образом: Ловил момент времени, пока не произошли настройки в процессоре, которые ломали связь - выключал, включал питание.
Потом в отладчике выяснил, в чем причина (может, кому поможет информация):
При выключении указанной на картинке опции отладки - 5 выводов выставляются в аналоговый режим, среди которых A14, A15 - ножки SWD. после перевода в аналоговый режим, отладчик перестает работать. При включении этой опции настройки ножек не меняются.