Нет, там на вход, настроенный как exti поступает короткий сигнал частотой 300 Гц, из этого exti я запускаю таймер с 4 каналами в которых дрыгаю пином, вот и весь код. И этот запуск таймера начинается с задержкой. Опытным путем помогло добавление перед запуском всех каналов таймера строчки
TIM4->ERG=TIM_ERG_UG
Я в cmsis не силен, поэтому так схожу сказать что эта строчка означает не могу, видимо что-то типа принудительного запуска, пока ещё не смотрел, но та самая задержка сократилась до 3 мксек, что уже приемлемо. Сейчас хочу переписать участки кода с hal на cmsis, потому что эти сгенерированные портянки разбирать мне труднее, чем разобраться в cmsis, spl было самое то, но камень f7, в LL пока особо не разбирался