Я бы опирался на логику того, что существует в физическом мире. Если физически комплект реально рождается и есть у кладовщиков операция "рождения" этого комплекта с соответствующим присвоением SKU/артикула/ШК и отдельным товарным учетом, то комплектация - то, что доктор прописал. В УТ 11 набор виден лишь пользователю, а реально списывается товар. Для бухгалтера кроме экзистенциального желания "хочу в базе как на печати" реальных обоснований нет - можно в БП выгружать первоначальный товарный состав. Главное чтобы совпадали данные на уровне документа: номер, контрагент, сумма, НДС. Ну если, конечно, у вас нет заворотов с экспортным НДС сырьевых товаров.