Иногда при заходе в edt он сам предлагает, или же заходим, жмем shift+f7 (обновление ИБ), в случае изменений нам будет предложено несколько вариантов, либо замена конфигурации в ИБ на конфигурацию из проекта, либо перенос изменений из ИБ в проект, причем можно сделать как с объединением своих внесенных изменений, так и заигнорить их, после будет привычное сравнение, объединение, где увидите все измененные моменты в конфигурации.