Нельзя так просто взять и восстановить бэкап без "уведомления" сервера 1С. Вы либо вызываете метод "ОбновитьНумерациюОбъектов", либо перед восстановлением бэкапа удаляете базу из кластера, восстанавливаете базу в СУБД, восстанавливаете базу в кластере, либо перезагружаете сервер 1С после восстановления.