Ну и маркдаун почему хорош, потому что это гит. Всегда понятно кто что когда менял. Ты работаешь с докумениацией, как с кодом.
zim тоже может интегрироваться с гитом через плагин, кстати. но сам по себе файл его вики это контейнер.
на мой взгляд проще сразу в гите маркдаун держать.
из зима можно сайты собирать, но и из любого маркдауна тоже можно достаточно просто: например
https://1c-syntax.github.io/bsl-language-server/автогенерируется из маркдауна