50 потолков в одну таблицу с кластерным индексом который небось ещё и по id и нет блокировок... Там hot page точно быть должен. Включи параллельно профайлер в нем оставь одни ошибки и фильтр по своей базе ну и по логину если по нему можно... И посмотри есть ли они или нет
На счёт профайлера - если можешь, пользуйся Extended Events. Profiler с 2012 Deprecated и под большой нагрузкой может существенно сервер просаживать, особенно, если он запущен удалённо, а не серверсайд.
код 1с что-то читает из регистра при вставке или просто в цикле пишет в регистр? цикл на основании каких данных формируется? обработка и логирование ошибок операций записи в регистр есть?