да, это пичалька в буте. пока 1 датасоурс - все хорошо. как только надо 2 - надо и первый делать руками. а это ж не просто пару пропертей в ямле. это и миграции и куча всего другого перестает из коробки работать.
возможно, если первый сделать
@Primary, то это поможет и остальные автоконфигурации заработают (миграции, жпа и прочее). но это тоже костыль. а если нужно миграции на оба датасорса? и вот уже нужно и миграции настраивать вручную для обоих.
это все сильно повышает сложность на ровном месте. я даже заметил, что бывает это влияет на архитектурные решения. когда, например, вроде бы и хорошо бы 2 БД подключить архитектурно, но когда вспоминаешь, сколько это вызовет доп. работы по написанию и поддержке всего, что раньше ты бы получил из коробки, то невольно задумываешься "а может ну его нафиг эти 2 БД, может все же одной тут можно обойтись..."