Ну кажется, что это можно делать через ApplicationContextAware (или BeanFactoryAware) типо вот так:

public class BeanRegistrator implements ApplicationContextAware {

private ConfigurableListableBeanFactory beanFactory;
    
    @Override
    public void setApplicationContext(ApplicationContext applicationContext) throws BeansException {
        var context = (ConfigurableApplicationContext) applicationContext;
        this.beanFactory = context.getBeanFactory();
    }
    
    public void registerSingletonBean(String name, Object singleton) {
        this.beanFactory.registerSingleton(name, singleton);
    }
}

Но если честно, это выглядит как довольно отвратительная затея и мне кажется что-то может пойти не так. Надо тестировать)
А какой юз. кейс? Может можно что-нибудь попроще?
Если вопрос именно о рантайме после полной инициализации контекста (т.е. когда уже отработали все BeanFactoryPostProcessor/BeanFactoryProcessor) то я не могу придумать юз кейсы, как это могло бы пригодиться)

Кейс: есть обект Юзер (токен, логин, мыло и тд) - по токену нужно делать кросБД запросы по вытягиванию даты - список доступных полигонов, координаты, история погоды, показатели грунта и т.д.

при чем Одно тело, много запросов разосрано по всему апликейшну

Кстати вот еще дяденька делает сингтон бин, хранящий внутри prototype бины, создаваемые в рантайме. Но это не настоящие бины, судя по всему. https://stackoverflow.com/questions/27809838/how-to-instantiate-spring-managed-beans-at-runtime
Я правд не понял зачем, но надо человеку видимо)

Caused by: org.apache.catalina.LifecycleException: Failed to start component [StandardEngine[Tomcat].StandardHost[localhost]]

Если честно, ничего не понятно.
Что это за зависимости?
Что происходит? Просто старт boot приложения и сразу падение?
Можно ли воспроизвести проблему с нуля в отдельном boot приложении?
И это явно не весь страктрейс.

без google-oauth-client-jetty валится там где и должно быть, поэтому думаю jetty с tomcat из спринга конфликтует

И в интернетах есть ровно такая же проблема)
https://stackoverflow.com/questions/48340422/spring-boot-conflicting-gradle-dependancies-google-oauth-client