a shutil не решает проблему?

Файловые системы вполне могут иметь запрещённые символы, например /

нууу...  зачем тогда питон?

нет.

так это питоновая библиотека стандартная

выше же ссылка точно такой же стандартный модуль как os

специализированные операции для работы с файлами и директориями

Нет?
https://en.wikipedia.org/wiki/Filename#Reserved_characters_and_words

Откуда взялась кои8 я ума не приложу. Обычно бывают кракозябры при распаковке зип архивов с винды.

Потому что зип не декларирует кодировку в которой хранятся имена файлов.

ls -lh test/
total 0
-rw-r--r-- 1 root root 0 Nov 25 21:23 ???????-????
-rw-r--r-- 1 root root 0 Nov 25 18:27 Хороший-файл-мой

нет.
это наследие тяжёлое

просто вот есть куча папок и файлов с такими именами.

Болванка вот такая.
Что-то я заблудился в этих кодировках нафиг :(

Интересуют две функции магии и is_koi8

def is_koi8(s):
   try:
       s.encode('koi8-r')
       return False
   except TypeError:
       return True
   except UnicodeEncodeError:
       print("Не перекодировать.")
       return True

for root, dirs, files in os.walk('./test/',topdown=True):
   for file in files:
       if is_koi8(file):
           bad = some_magic(file)
           good = some_other_magic(file)
           print("mv {} {}".format(bad, bad))
           os.rename(bad, good)

# ls -lh test/ | iconv -f koi8-r -t utf-8
total 0
-rw-r--r-- 1 root root 0 Nov 25 21:23 Хороший-файл
-rw-r--r-- 1 root root 0 Nov 25 18:27 п╔п╬я─п╬я┬п╦п╧-я└п╟п╧п╩-п╪п╬п╧
@neumond8 обратите внимание, что "Хороший файл" -- это не кракозябры, а вполне себе байтики в кодировке древней.

у меня так работает

import os

# файл называется: я┘п╬я─п╬я┬п╦п╧_я└п╟п╧п╩ - кодировка koi8-r
count = 0
for root, dirs, files in os.walk('.'):
   print(files)
   for f in files:
       if f != 'test.py':
           print(type(f))
           name = f.encode('koi8-r').decode('utf-8')
           print(name) # ==> хороший_файл
           os.rename(f, str(count))
           count += 1