только это задача генератора - помочь юзеру, но от этого конфиг не перестает быть интерфейсом работы пользователя
если PyYAML не может генерить конфиг это не значит, что его надо генеить так. конфиг надо генерить шалонизатором, текстом, потому что суть конифга в том, что юзер его пишет, руками