Если я правильно понял:
1. у вас есть сайт с UGC контентом;
2. много пересекающихся страниц;
3. много нового контента, который не залетает в индекс.
Эти проблемы я бы решал поочередно:
1. разобрался бы почему ПС медленно индексирует и как повысить краулинговый бюджет. Здесь может помочь создание дополнительных сайтмапов и добавление их в вебмастерс.
Но для сайтов с количеством страниц от миллиона, я бы рекомендовал разобраться с анализом логов -
https://www.youtube.com/watch?v=MJQSVoqJhsk2. После решения вопроса с индексацией, можно начинать работать с контентом.
Если контент UGC, то возникает моральный вопрос, имеете ли вы право его править и насыщать ключами.
Если вы приняли решение, что имеете, то как по мне, оптимальный вариант такой:
1. берем запрос, например, "Как сварить зеленый борщ";
2. поиском по сайт site:, смотрим какой материал нравится поисковикам больше всего;
3. все остальные UGC ставим каноникалом на этот + на основной материал линкуем со второстепенных.
Таким образом ПС четко будет понимать, какой материал главный.
Эти 2 действия помогут увеличить трафик с ПС.