Думаю просто сделать такую процедуру для сотрудников: 1) снимаешь первый образ 2) подключаешь не доверенную флешку 3)снимешь второй образ 4)сравниваешь, если поменялось что-то в реестре, автозапуске, и ТД.
под винду чекеры измененией, типа афика или типа того, скорее практически внедряемые, скорее платные. у них есть название, аббревиатура класса подобных программ
Прога же раньше была, делала полный образ системы и после каких либо изменений можно было сделать откат. Типа точки восстановления, но быстрее работало.