В принципе система как целое должна быть готова к тому, что ресурс внезапно исчезнет вместе с jvm и хипом. Например в случае физического уничтожения сервера
Это конечно правильно, и в нашем случае вопрос решенный уже. Открытый вопрос на сколько глубоко стоит заходить с грейсфул шатдауном стейтфул кафка стримами, я вот лично считаю что обработать текущие сообщения из полла, завершить все выходящие сайд эффекты, сохранить промежуточный стейт и коммит оффсетов, а потом выходить из консумер группы, а потом выключать джвм