Проблемы основные такие:
- Строить систему генерации, основой для которой является говновыхлоп другой системы генерации сложно, возникает очень много коварных проблем и дебильных воркэраундов
- Конфигурировать и кастомизировать системы, работающие внутри скала компилятора очень очень сложн
Позвольте не согласиться по обоим пунктам:
1. Мой опыт говорит об обратном. На нескольких проектах имел опыт с подобными цепочками, например treehugger => scalaCheck. Проблем не испытывал.
2. Все подобные проблемы легко решаются разделением по подроектам в sbt и последовательной сборкой. В пределах одного подпроекта действует только 1 механизм генерации