Все конфиги сложить в одно место, конфиги библиотек, которые зависят от ямлов, json-ов, непонятно чего, запроцессить встроив в них нужные данные из единого dotenv, все сложить в репозиторий. Разработчикам позволить опционально переопределить ключи локальной версией енв-файла, разные окружения раскатывать ансиблом.