ФС дает абстракцию файла как последовательность байтов, не? если попытаться перезаписать в середину, нужжно сдвигать все что было дальше
все что было дальше свигать не обязательно, если у тебя а) фс умеет рабин-карпа или что-то подобное для нарезания файла или б) ты свдинулся ровно на поддерживаемый размер куска данных. например на сектор или блок.