Может разные флатпаки были?

Не понял вопроса

Ну на дебиане и сильверблю.

Вы или не поняли моего вопроса, или тонко подруниваете)
Я СБ еще не юзал. Зашел в чат чтобы спросить что да как
А вот на дебиане флетпек установил. Выше описал свой юзкейс

Я просто в какой-то статье читал, что в СБ флетпек как-то не так приготовлен. Если из этого не следует, что он не будет кушать 7гб для 5 программ на диске, то пока (лично для меня) его юзабельность под вопросом

а можно спросить, вам обязательно использовать флатпак?

На дебиане?
Ну на стейбле там без вариантов. Или депендеси хелл, или appimage / flatpak

А, понятно.

Флатпаки везде одинаковы, вроде.

Хотя я в них смысла не вижу и ни разу не ставил себе.

вроде apt может решать этот антипаттерн?

Какой именно?

не все проги есть в репах...  к сожалению.

dependency hell

Каких нету - или не нужны, или можно опакетить и добавить в репы.

зависит от исопльзуемых рантаймов. Вообще, если в СБ ставить флатпаки из федоро-репозитория, то такого не будет, но любая прогармма из флатхаба может запрост опритянуть свой рантайн, который ей необходим, и если он окажется не равен системе, то он притянется целиком. Например если у вас гном 3.32 на дебиане, а большинство флатпаков используют 3.34, то любая программа притащит свой рантайм который будет занимать место. Плюс, некоторые проги, могут требовать другие рантаймы, напрмиер кутишные проги тянут кде рантайм, и там тоже может быть (а может не быть) разных версий.

ну я пакечу плохо...

Если ставить из ветки тестинг или сторонние пакеты

то апт рано или поздно (в моем случае было рано) выплюнет кучу ошибок

Ну а я хорошо :)