Я видел проблемы пару раз на btrfs когда на ней место кончается в 0. И в общем, на счёт восстановления действительно всё не очень хорошо. Если что-то пошло не так, то даже с repair нет гарантии что всё будет работать нормально. В таком случае приходилось пересоздавать её просто. Но ведь вы же все делаете бакапы, верно? ;)