Да он вручную и собирается, просто там дефолтные значения подставляются. И автоматически апдейтит новые переменные в .env, если из гита прилетели новые в .env.dist
Даже если и само дефолтное значение не нужно человеку, то он из дефолтного значения понимает формат данных. Допустим переменная SOME_URL и не понятно это в формате schema://host:port/ или только host