Была проблема похоже в старом Flatpak а не графическом стеке. До недавнего времени в Leap 15.2 была древняя версия 1.6.x, недавно обновили до последней ветки 1.10.x, и вроде как все заработало. Сейчас только решил попробовать после обновления Flatpak заново поставить Krita.