Это томкэт из-под джарника загружается (или какой там сервер внутри), и без ручной замены кода внутри его все равно ни на что не заменить
а в чем, допустим, разница (и как это вообще работает или должно работать), если сделать одновременно java -jar jenkins.war и systemctl start jenkins ? Они оба должны быть запущены?