Было бы интересно посмотреть на вывод, к примеру, nmon с отображением статистики ядра, памяти и i/o. Ну и да, конечно: top наше все. А еще было бы неплохо понять, какую нагрузку при этом пытается обработать фрисвич: число регистраций/сек, попыток звонков/сек, число параллельных звонков.
Ну и я согласен с предыдущими ораторами: не похоже, что дело в ядре. Больше похоже, что либо с настройкой ФС какие-то бока, либо с ОС.
В качестве БД что используется: native postre или sqlite? Какой таймер ФС используете, кстати говоря?