типичная инсталляция nginx+php-fpm на голом железе или виртуалке:
куча конфигов в /etc/nginx с server_name
example.com; root на /var/www/
example.com и location ~ *.php {fastcgi_pass
127.0.0.1:9000 }
Я предпочитаю на хосте или в отдельном контейнере иметь один nginx с кучей server_name
example.com; location / { proxy_pass app1:8001/ } а в каждом приложениии иметь отдельный контейнер c nginx c root /var/www и fastcgi_pass
Первый только определяет на какой контейнер отправить трафик, опцилнально терминирует https. А воторые задочены под конкретное приложение, хранят и раздают статику-совсем-статику, и раздают пользовательские файлы из примонтированного тома, куда их пишет пхп-контейнер