ну откатываешься на большой бекап до и до нужной позиции оплогом
Я оплоги никогда не ковырял в монге.
То есть откатываешь все шарды до определенного момента. Затем говоришь проиграй мне оплог с момента бэкапа до нужного мне момента на всех шардах, а реплики этих шардов сами все правильно от репликасетят?