Термины которые вы употребляете: "синхропосылка", "режим гаммирования" заставляет меня думать, что вы имеете дело с криптографическими функциями ГОСТ, либо просто учились криптографии по отечественным учебникам.
Ваш интерес к этой теме связан с учебным заданием, или же с практической работой?
Да и режим CTR я не советую использовать в чистом виде.
Так вирусописатели одного шифровальщика сильно лоханулись, применяя режим CTR(шифр AES/Rijndael) при использовании одного и того же вектора инициализации для всех файлов(ключ при этом один и тот же). Это позволяет полностью или же частично расшифровывать файлы, если известен хотя бы один из зашифрованных файлов, особенно если у него большой размер.
Слава Богу, вредители не сильно разбираются в криптографии.