Специалистов, достаточно хорошо владеющих shiny, не так много. Владеющих прилично R мало, что говорить про shiny. Отсюда риски разработки, связанные с передачей поддержки приложения.
Мало материалов по разработке сложных модульных приложений. Но этот пробел постепенно заполняется. Зато в наличие очень продвинутые инструменты по подготовке и представлению данных. Даже не знаю, что ещё может сравниться по этому параметру.
Да, так и есть. Мое приложение на shiny для отдела обучения просуществовало около 1.5 лет без меня, потом всё, некому обновлять и поддерживать, и структура данных поменялась, стало неактуальным