Эммм... короче... не знаю... линуксоиды должны сами знать как в их системе что-то устанавливать/удалять - ибо нет одного стандарта. У меня в линукс нет таких папок, и все мои установки вне менеджера пакетов живут в $HOME, зато /usr/local есть у меня во FreeBSD и там как раз живет то, что через системный менеджер пакетов ставится... а вообще man hier )