Пробовал структуру где каждая компонента в отдельной папке — не работает, т.к. тупой Atom пишет index.js в заголовке каждой вкладки. Sublime чуть умнее, но недалеко ушёл.
у меня сначала были две папки для дамми и смарт, "как завещал великий ден", но потом понял, что это ужасно неудобно. Теперь кладу смарт компонент рядом с тупым компонентом если он нужен и именую так: Blah.js BlahContainer.js
если репозиторий очень большой, то уже неважно какая структура директорий :) приходится fuzzy finder пользоваться и проще наверное плоской структурой пользоваться