qmake значительно лучше был приспособлен к кроссплатформенной разработке. Вот некоторые фичи, которых нет в cmake, или которые появились в нем недавно:
1. Precompiled - появился в cmake 3.16 только
2. VERSION в мета свойствах, иконки для бинарников и драгая мета информация о сборках
3. Поддержка qmake в IDE Qt Creator. Cmake до сих пор ни одна из IDE не поддерживает
4. Синтаксис qmake на много проще cmake
На самом деле отличий больше, это те, что сходу вспомнил, но сам уже больше года не использую, и проекты на qmake перевел на cmake. Все таки cmake действительно становится стандартом, хотя qmake, на мой взгляд, проще, удобнее и эффективнее.
С другой стороны, cmake обрастает всякими фишками, типа CPack и Conan де факто использует cmake в качестве основной системы сборки