Есть системы, помойму всякие ALM, которые позволяют хранить требования, учитывать покрытие и пр.
Но это толсто, медленно, неуклюже, неудобно и дорого. Поэтому вместо этих систем требования обычно просто пишут на конфлюэнс-странице
Конфлюенс пожалуй сейчас самое распространенное и легко интегрируется к элементам в джире. Смысла жирные системы использовать нет. Как альтернатива тому же конфлюенс - гит, тоже такой способ хранения видел