https://doc.octoperf.com/design/edit-virtual-user/action-types/jsr223-actions/Куки можно получать. Сохранять в sharedMap. Удалять. Восстанавливать снова.
import org.apache.jmeter.protocol.http.control.CookieManager;
import org.apache.jmeter.protocol.http.control.Cookie;
Cookie cookie = new Cookie("foo","bar","my server","/",false,-1);
CookieManager manager = ctx.getCurrentSampler().getProperty("HTTPSampler.cookie_manager").getObjectValue();
manager.add(cookie);