Потому, что все одно будут учить действовать не в жире, а действовать по БП. Аджаил и скрам это хорошо, но только лучше про процессы тестирования в жизненном цикле ПО, а не какие-то мутные методологии. Потому, что так полезнее. Зачем тратить занятия на всякую фигню? Каким боком это относится к тестированию? Чем будет полезна для начинающего?
Вот только придет потом джун, про свое место знать будет (это конечно же важно), а там аджайл и скрам. И как это свое место понять при данной методологии? Особенно учитывая, что все больше организаций на них переходят.
Джира тоже полезна, как инструмент - чтобы не теряться. Это относится не сколько к тестированию, а процессу и организации раюботы (в том числе своей). Например, что тестрейл можно связать с джирой - чем не полезная и важная для работы фича? А иначе придешь и будешь в ексельке писать чек-листы, а куда их деть потом, понятия не имеешь.