К примеру, есть проект на вэб, написанный на джаве. Предположим там туча классов.
Привязывается к нему junit и как дальше происходит?
Или Вы имели ввиду отдельный компонент junit?
Разворачиваете инстанс своего проекта (каким образом, в пайплайне или отдельный тестовый стенд или ещё варианты решать вам), создаёте проект на JUnit + Selenium в котором пишете свои тесты и запускаете их, они инициализируют браузер, заходят на ваш проект и прогоняют ui-сценарии.