Я раньше запускал через docker-compose (через супервизорд запущен был) , а потом пришёл к выводу, что докер мне нафиг в проде не упал)) Просто его убрал и все прямо так поставил. Думаю только ansible прикрутить, чтобы удобно было, если что, vps менять (чтобы руками весь софт не ставить)
Вот я как раз сейчас все веб приложения через ансибл и ставлю, и обновляю, и бекапы делаю и все прочее. Все работает хорошо, но с докером есть все ж преимущество. У меня набралось очень много уже отдельных микросервисов, что расходы на хостинг стали заметны. И с докером точно удобнее на один сервер / дроплет напихать много приложений, которые все будут изолированы.
Но если на каждый микросервис использовать отдельную вдс-ку, то да, уже не критичен докер. И да, с докером тоже проблемы бывают, не такой уж он и прозрачный.