Я что-то адекватеных решений не нашёл. Если один site.pp, то глупо было делать отдельную директорию для него, если include, то последние признаны deprecated
адекватное решение это взять и положить всё в модуль, в site.pp хранить некоторые global vars. а в node.pp список нод, и в них уже инклуить классы из вашего модуля
ты всё на докере делаешь? К нему есть ряд больших претензий :) Например, вендор лок на технологии гугл, если всё делать на кубернетесе (а если не на нём, то появляется куча технических проблем)